Rafael Núñez
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Le correspondió afrontar la guerra civil de 1885, promovida por el liberalismo radical para derrocarlo a él y a la Regeneración. Los radicales estaban comandados por los generales Gabriel Vargas Santos, Ricardo Gaitán Obeso y Daniel Hernández; y los conservadores, por los generales Marceliano Vélez, Leonardo Canal, Manuel Briceño, Rafael Reyes y otros, aprobados por los liberales independientes. Los combates más importantes fueron los del Río Sonso, Santa Bárbara de Cartago, Cartagena, La Humareda y El Salado. La guerra se generalizó en los estados de Boyacá, Santander, Antioquia, Cauca, la Costa Atlántica, Panamá, Tolima, Cundinamarca y otras regiones. En la batalla de La Humareda, el 17 de junio de 1885, el ejército radical fue completamente derrotado, con un elevadísimo número de muertos, sobre todo de una generación joven, anhelante del triunfo radical. Triunfante pues el gobierno de Núñez, se dio paso a la aprobación y sanción de la Constitución Política de 1886, que estructuró en forma definitiva la República de Colombia en torno a una centralización política y una descentralización administrativa. El 11 de noviembre de 1885, después de la guerra, se instaló en Bogotá el Consejo Nacional de Delegatarios, convocado por el supremo gobierno para deliberar los términos en que debía procederse a la nueva Constitución. En su mensaje, el presidente Núñez señaló que «las repúblicas deben ser autoritarias, so pena de incidir en permanente desorden y aniquilarse en vez de progresar». Entre los proyectos de Constitución presentados, el Consejo Nacional de Delegatarios escogió el que redactó Miguel Antonio Caro, del partido conservador. La nueva Constitución Política, meta de la Regeneración, fue sancionada el 5 de agosto de 1886. Ella dispuso que con el fin de afianzar la unidad nacional, Colombia se reconstituiría en República unitaria. Sus rasgos más sobresalientes los resumió Núñez en la siguiente forma: «Unidad nacional, libertad religiosa, derechos para todos, estabilidad y autoridad». El tercer período de gobierno de Rafael Núñez ocurrió entre los años 1886 a 1888. En el año 1887, el gobierno aprobó el Concordato con la Santa Sede. Su último período presidencial acaeció entre los años 1892 y 1894. En estos períodos, Nuñez dejó actuar a los vicepresidentes en el gobierno. El se retiró a su hacienda de El Cabrero, en Cartagena, en compañía de su amada Soledad Román. Allí murió, el 18 de septiembre de 1894. Su pensamiento y acción en el movimiento de la Regeneración, llevaron a una relativa estabilidad de Colombia en la primera mitad del siglo XX.