Bioinformática
Keywords: Bioinformática, ADN, Algoritmos genéticos, Aminoácido, Anatomía, Astrobiología
Bioinformática es el uso de las matemáticas y de las técnicas informáticas para resolver problemas biológicos, normalmente creando o usando programas informáticos, modelos matemáticos o ambos. Una de las principales aplicaciones de la bioinformática es la simulación, la minería de datos (data mining) y el análisis de los datos obtenidos en los proyectos genoma (Proyecto de Genoma Humano) o el proteoma. Otras aplicaciones son el alineamiento de secuencias, la predicción de estructuras proteicas y las redes metabólicas.
Un buen libro en español sobre esta materia es el titulado "Bioinformatica: Simulación, Vida Artificial, Inteligencia Artificial" escrito por Rafael Lahoz-Beltrá y publicado en 2004 por Ediciones Diaz de Santos. Para más información véase la página http://bioinformatica.net
Dos "escuelas" la de EE.UU. y la del Reino Unido con Australia le dan diferenetes coberturas al término.
- Para los estadounidenses la bioinformática se enmarca dentro de lo mencionado en el párrafo anterior.
- Para los británicos la bioinformática se extiende al estudio de cualquier tipo de dato obtenido de entidades biológicas independientemente de la escala de estudio, desde moléculas hasta paisaje, ecosistemas etc.
La bioinformática se nutre especialmente de dos grandes áreas del conocimiento, las ciencias biológicas y las ciencias de la computación, dado este origen existen dos grandes líneas de trabajo: La primera en la cuál las ciencias de la computación utilizan modelos de las biológicas, ejemplo de ello lo constituyen las redes neurales, los algoritmos genéticos, computación con DNA, entre otras. La segunda en la cuál las ciencias biológicas utilizan modelos y herramientas de las ciencias de la computación, como se menciona en el primer párrafo.
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Bases de datos
Existen bases de datos primarias, que contienen información directa de la secuencia, estructura o patrón de expresión de ADN o proteína, y secundarias, que contienen datos derivados del análisis de las bases de datos primarias, como mutaciones, relaciones evolutivas, agrupación por familias o funciones, implicación en enfermedades, etc.
De nucleótidos
La colaboración de las tres bases de datos más importantes hace posible acceder a casi toda la información de secuencias de ADN desde cualquiera de sus tres sedes:
- EMBL-BANK en el Instituto europeo de Bioinformática (EBI)
- Enlace externo: EMBL-BANK
- DNA Data Bank of Japan (DDBJ) en el Centro de Información Biológica (CIB)
- Enlace externo: DDBJ
- GenBank en el Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI)
- Enlace externo: GenBank Entrez Nucleotide
De proteínas
Bases de datos de secuencias de aminoácidos.
- Swissprot contiene secuencias anotadas o comentadas, es decir, cada secuencia ha sido revisada, documentada y enlazada a otras bases de datos.
- Enlace externo: Swissprot en el EBI, Swissprot en Expasy
- TrEMBL por Translation of EMBL Nucleotide Sequence Database incluye la traducción de todas las secuencias codificantes derivadas del (EMBL-BANK) y que todavía no han podido ser anotadas en Swissprot.
- Enlace externo: TrEMBL
- PIR por Protein Information Resource está dividida en cuatro sub-bases que tienen un nivel de anotación decreciente.
- Enlace externo: PIR
- ENZYME enlaza la clasificación de actividades enyimáticas completa a las secuencias de Swissprot.
- Enlace externo: ENZYME
- PROSITE contiene información sobre la estructura secundaria de proteínas, familias, dominios, etc.
- Enlace externo: PROSITE
- INTERPRO integra la información de diversas bases de datos de estructura secundaria como PROSITE, proporcionando enlaces a otras bases de datos e información más extensa.
- Enlace externo: INTERPRO
- PDB por Protein Data Bank es la base de datos de estructura terciaria 3-D de proteínas que han sido cristalizadas.
- Enlace externo: PDB
De genomas
- Ensembl integra genomas eucariotas grandes, por el momemto contiene genoma humano, ratón, rata, fugu, zebrafish, mosquito, Drosophila, C. elegans, y C. briggsae.
- Enlace externo: Ensembl
- Genomes server y TIGR son portales con información y/o enlaces de todos los genomas secuenciados por el momento, desde virus a humanos.
- Enlace externo: Genome Server
- Enlace externo: TIGR
- Wormbase es el portal del genoma de gusano C. elegans.
- Enlace externo: Wormbase
- Flybase es el portal de la mosca del vinagre Drosophila melanogaster.
- Enlace externo: Flybase
Otras
- Taxonomy es el portal de clasificación taxonómica de organismos
- Enlace externo: Taxonomy Browser
- Pubmed da acceso gratuito al índice de publicaciones de la Biblioteca Nacional de Medicina (NLM), con enlaces a artículos completos.
- Enlace externo: PubMed
- OMIM por Online Mendelian Inheritance in Man es un catálogo de genes humanos relacionados con informaciones genéticas.
- Enlace externo: OMIM
Véase también
Enlaces externos
- Proyectos de Software
- Organizaciones
- Directorios
- Libros en español
- Otros